У разі виявлення оперативним підрозділом підстав для проведення службового розслідування стосовно посадових осіб, посади яких належать до номенклатури посад начальника контрольованої митниці, рішення про проведення службового розслідування приймається начальником контрольованої митниці за поданням начальника Оперативної митниці негайно. До роботи комісії з проведення службового розслідування обов'язково залучаються посадові особи Оперативної митниці. Акт, складений за результатами службового розслідування, направляється до Управління власної безпеки Держмитслужби України.
У разі виявлення підстав для проведення службового розслідування стосовно посадових осіб контрольованої митниці, посади яких належать до номенклатури посад Голови Держмитслужби України, пропозиції про проведення службового розслідування надаються Голові Держмитслужби України.