У разі виявлення факту порушення митних правил посадова особа оперативного підрозділу, яка його виявила, складає протокол про порушення митних правил відповідно до Митного кодексу України ( 1970-12 ). Протокол про порушення митних правил повинен бути зареєстрований у контрольованій митниці з дотриманням вимог Положення про порядок реєстрації справ про порушення митних правил, затвердженого наказом Держмитслужби України від 21.12.98 N 794.
Матеріали справи про порушення митних правил, заведеної посадовою особою оперативного підрозділу, передаються за актом про прийняття-передання начальнику контрольованої митниці для подальшого провадження в справі відділенням або службою по боротьбі з контрабандою та порушеннями митних правил цієї митниці.
Посадова особа оперативного підрозділу може отримувати від контрольованої митниці копії процесуальних рішень, прийнятих у кримінальних справах і справах про порушення митних правил. Копії рішень у справах про порушення митних правил, заведених посадовими особами оперативного підрозділу, надсилаються електронною поштою або засобами факсимільного зв'язку до Оперативної митниці в 3-денний термін з часу їх надходження до контрольованої митниці, у провадженні якої перебуває справа.
У разі складення посадовими особами оперативного підрозділу або в їх присутності під час здійснення контрольних заходів протоколів про порушення митних правил, за якими потрібно провести додаткову оцінку вилучених (затриманих) товарів і транспортних засобів згідно з вимогами відповідних статей Митного кодексу України ( 1970-12 ), відомості про результати такої оцінки надсилаються контрольованою митницею електронною поштою або засобами факсимільного зв'язку до Оперативної митниці в 3-денний термін після проведення такої оцінки.
Посадова особа Оперативної митниці, яка склала під час здійснення контрольних заходів протокол про порушення митних правил, може бути опитана посадовою особою контрольованої митниці, що здійснює провадження в справі.