Контрольні заходи силами оперативних підрозділів здійснюються з метою:
дотримання єдиного порядку переміщення товарів через митний кордон України, а також профілактики, виявлення, припинення порушень митного законодавства, опрацювання та вдосконалення діючих технологічних схем митного контролю й митного оформлення;
реалізації результатів інформаційно-аналітичної роботи з даними Єдиної автоматизованої інформаційної системи Держмитслужби України, повідомленнями, отриманими від інших державних органів України (у тому числі митних), від митних та правоохоронних органів іноземних держав, від міжнародних організацій і від громадян;
опрацювання та підвищення ефективності діючих технологічних схем митного контролю й митного оформлення товарів і транспортних засобів, що переміщуються через митний кордон України.