Контрольні заходи, здійснювані Оперативною митницею:
планові, що здійснюються згідно з квартальним планом, затвердженим Головою Держмитслужби України, самостійно силами оперативних підрозділів у зонах митного контролю (відділах, пунктах пропуску, вантажних терміналах, зонах прибуття автотранспорту, митних ліцензійних складах) контрольованої митниці або згідно з планом проведення спільних з органами Служби безпеки України, Міністерства внутрішніх справ України, Держкомкордону України, Державної податкової адміністрації України, прокуратури, іншими державними органами операцій. Завдання на їх здійснення, як правило, доводиться керівництву Оперативної митниці керівництвом Держмитслужби України у вигляді письмового або усного доручення;
позапланові, що здійснюються силами оперативних підрозділів у зонах митного контролю, поза зонами митного контролю контрольованої митниці (митниць) спільно з органами Служби безпеки України, Міністерства внутрішніх справ України, Держкомкордону України, Державної податкової адміністрації України, прокуратури, іншими державними органами. Спільні операції проводяться Оперативною митницею за дорученням керівництва Держмитслужби України;
невідкладні, що здійснюються раптово силами оперативних підрозділів у зонах або поза зонами митного контролю контрольованої митниці (митниць) на підставі аналізу даних Єдиної автоматизованої інформаційної системи Держмитслужби України, звернень громадян, документів і відомостей, які характеризують зовнішньоекономічну діяльність підприємств, установ та організацій з ознаками порушень митного законодавства, з метою виявлення й припинення таких фактів. Ці заходи проводяться за погодженням з керівництвом Держмитслужби України згідно з наказом Оперативної митниці.