При виконанні своїх функцій і завдань Оперативна митниця взаємодіє з управліннями Державної митної служби України, регіональними митницями, митницями, спеціалізованими митними управліннями й організаціями, іншими органами державної влади, підприємствами, установами й організаціями в установленому порядку.