В ДЕН беруть участь ЗОЗ, що надають вторинну (спеціалізовану) та третинну (високоспеціалізовану) медичну допомогу (далі - дозорні ЗОЗ), де відбираються біологічні зразки для досліджень та самостійні бактеріологічні лабораторії, що здійснюють мікробіологічну діагностику та визначення чутливості до протимікробних препаратів.