Фінансування здійснення моніторингу забезпечується за рахунок коштів державного, місцевих бюджетів, а також інших джерел, не заборонених законодавством.
Фінансування здійснення моніторингу з державного бюджету проводиться починаючи з 2028 року в межах видатків, передбачених у державному бюджеті на утримання Мінрозвитку.
Мінрозвитку складає бюджетні декларації та бюджетні запити щодо фінансування моніторингу за рахунок коштів державного бюджету на відповідний рік.
Фінансування моніторингу поверхневих та підземних водних об’єктів проводиться відповідно до Порядку здійснення моніторингу вод, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 19 вересня 2018 р. № 758 (Офіційний вісник України, 2018 р., № 76, ст. 2537).