Після надходження від органу Державного казначейства України копії виконавчого документа у справах про відшкодування податку на додану вартість забезпечують контроль за правильністю відшкодування та у разі виникнення у подальшому будь-яких змін (відмова платника від бюджетного відшкодування; відшкодування сум податку на додану вартість на підставі висновків податкових органів або в рахунок погашення податкових зобов'язань з ПДВ наступних податкових періодів; скасування судового рішення; перебування у провадженні кримінальних справ, що розслідуються у зв'язку з порушенням податкового законодавства платником, на користь якого постановлено судові рішення; прийняття судового рішення про зупинення, відстрочення виконання рішення суду; визнання судом виконавчого листа таким, що не підлягає виконанню) не пізніше двох робочих днів у письмовій формі інформують відповідний орган Державного казначейства України.
У випадку відмови платника від бюджетного відшкодування чи відшкодування сум податку на додану вартість на підставі висновків податкових органів або в рахунок погашення податкових зобов'язань з ПДВ наступних податкових періодів у встановленому порядку формують та передають відповідному органу Державного казначейства України довідку про залишок невідшкодованого податку за звітний період.