Підписання акта приймання-передачі товару, видаткової накладної та інших документів, передбачених умовами контракту, здійснюється в ІКС з використанням кваліфікованого електронного підпису (КЕП).
Для підписання документів в ІКС уповноважених осіб із числа військовослужбовців, які не відносяться до посадових осіб, що виконують організаційно-розпорядчі чи адміністративно-господарські функції, дозволяються до використання як кваліфіковані електронні підписи (КЕП), так і удосконалені електронні підписи (УЕП).
Складання та підписання акта приймання-передачі, видаткової накладної та інших документів у паперовій формі допускається у випадках, передбачених умовами контракту, зокрема в разі відсутності технічної можливості використання ІКС отримувачем або якщо замовлення передавалося виконавцю за межами ІКС.
Первинні документи, складені відповідно до умов контракту з дотриманням вимог законодавства та підписані виконавцем контракту, отримувачем та Агенцією, є підставою для відображення в бухгалтерському обліку отримувачем поставки товару, а також є підставою для оплати Агенцією вартості товару виконавцям згідно з умовами контрактів за рахунок коштів бюджетної програми КПКВ 1003020.
Агенція щодекадно на підставі підписаних первинних документів складає реєстр потреби у фінансуванні за КПКВ 1003020 (додаток), сформований з урахуванням помісячного розподілу. Реєстр потреби у фінансуванні за КПКВ 1003020 надсилається до ГУ НГУ та є підставою для відкриття ГУ НГУ асигнувань Агенції.