Компартменталізація є добровільною та здійснюється безоплатно за бажанням оператора потужності. Компартменталізації підлягають субпопуляції тварин у господарстві/господарствах, об’єднані єдиною практикою утримання тварин, а також підходом до управління поголів’ям.
Метою створення компартмента є ізоляція ідентифікованої субпопуляції тварин через виконання заходів, визначених у плані біологічної безпеки (далі - План), що затверджується оператором потужності, для забезпечення функціонування господарства, реалізації тварин незалежно від географічного розташування такої субпопуляції та епізоотичної ситуації на території навколо компартмента.