Складання та подання фінансової звітності про використання бюджетних коштів здійснюється за формами та порядком, установленими Державним казначейством України.
Агентство щокварталу, до 20 числа, наступного за звітним, подає Мінагрополітики звіт про використання коштів Державного бюджету України на проведення ідентифікації та реєстрації тварин (додаток).