Спеціалізований підрозділ забезпечує:
ведення статистичної інформації та моніторинг використання СКС у митниці;
періодичну (щомісячну або за необхідності у разі отримання інформації про можливу несправність СКС) перевірку та обстеження СКС щодо її технічної справності;
моніторинг та контроль діяльності посадових осіб спеціалізованого підрозділу (операторів СКС), залучених до сканування;
у разі отримання інформації від операторів СКС або підрозділу митного оформлення про можливі технічні несправності СКС або виходу її з ладу негайне вжиття заходів щодо їх усунення та повідомлення про це структурний підрозділ Держмитслужби, до функцій якого належить контроль за використанням технічних засобів митного контролю.