Моніторинг використання ВСКС уповноваженими структурними підрозділами Держмитслужби передбачає:
аналіз ефективності застосування системи управління ризиками у разі використання цих СКС;
аналіз діяльності підрозділів та посадових осіб митниці, задіяних у процесі сканування.
Моніторинг використання ВСКС Департаментом спеціальної підготовки та кінологічного забезпечення Держмитслужби передбачає:
здійснення аналізу рентгенівських зображень та прийнятих рішень за результатами сканування;
дистанційну підтримку операторів скануючих систем під час здійснення аналізу рентгенівських зображень;
підготовку рекомендацій за результатами моніторингу для оцінки ефективності аналізу рентгенівських зображень та прийнятих рішень, які надсилаються до Держмитслужби для подальшого опрацювання.