Моніторинг використання ВСКС у Держмитслужбі здійснюють уповноважені на це керівником Держмитслужби відповідні структурні підрозділи та Департамент спеціальної підготовки та кінологічного забезпечення Держмитслужби.
До участі у здійсненні моніторингу використання ВСКС допускаються посадові особи інших структурних підрозділів Держмитслужби, які мають:
професійну компетентність із загальних засад здійснення митної справи, порядку митного контролю та митного оформлення товарів та транспортних засобів, що переміщуються через митний кордон України, застосування системи управління ризиками та протидії митним правопорушенням;
базовий рівень підготовки операторів аналізу рентгенівських зображень, отриманих за допомогою скануючих систем.
Департамент спеціальної підготовки та кінологічного забезпечення Держмитслужби забезпечує підготовку посадових осіб, задіяних у процесі моніторингу, в частині професійної компетентності та базового рівня підготовки операторів аналізу рентгенівських зображень.