Митний контроль товарів, що переміщуються через митний кордон України, із застосуванням БПСКС здійснює посадова особа підрозділу митного оформлення вибірково на підставі результатів системи аналізу ризиків, у тому числі за результатами спрацювання автоматизованої системи управління ризиками з урахуванням положень Кодексу, постанови Кабінету Міністрів України від 21 травня 2012 року № 451 «Питання пропуску через державний кордон осіб, автомобільних, водних, залізничних та повітряних транспортних засобів перевізників і товарів, що переміщуються ними», наказу Міністерства фінансів України від 03 серпня 2018 року № 671 «Про затвердження Порядку виконання митних формальностей на повітряному транспорті», зареєстрованого в Міністерстві юстиції України 11 вересня 2018 року за № 1036/32488, та інших нормативних документів з питань митної справи, які регулюють питання застосування технічних засобів митного контролю (СКС).
Митний контроль товарів, що переміщуються (пересилаються) у міжнародних поштових та експрес-відправленнях, із застосуванням БПСКС здійснюється з урахуванням частини першої статті 237 Кодексу.