Митний контроль товарів та транспортних засобів з використанням ВСКС, у тому числі сканування, здійснюють не менше як три оператори ВСКС, двоє з яких є виключно посадовими особами спеціалізованого підрозділу.
При цьому одна посадова особа - оператор руху, друга - оператор реєстрації супровідних документів та керування системою (водій скануючої системи мобільного типу), третя - оператор роботи із зображеннями.
Усі оператори ВСКС повинні бути взаємозамінними. Залучення посадових осіб спеціалізованого підрозділу до постійного виконання завдань, не пов’язаних із забезпеченням неінтрузивних технологій митного контролю, забороняється, крім випадків, визначених цим Порядком.