Митний контроль із застосуванням ВСКС здійснюється:
за результатами застосування системи управління ризиками, у тому числі спрацювання автоматизованої системи управління ризиками;
на підставі обґрунтованого рішення керівника підрозділу митного оформлення (старшого зміни), або особи, яка виконує його обов’язки, про застосування ВСКС із внесенням цією особою відмітки до автоматизованої системи митного оформлення (далі - АСМО) або Інформаційного аркуша (додаток 1) про прийняте рішення;
на підставі обґрунтованого рішення керівника підрозділу протидії митним правопорушенням, або особи, яка виконує його обов’язки, про застосування ВСКС із внесенням цією особою відмітки до АСМО або Інформаційного аркуша про прийняте рішення.
Розгляд питання щодо застосування ВСКС здійснюється за умови забезпечення дотримання вимог Типової технологічної схеми пропуску через державний кордон осіб, автомобільних, водних, залізничних та повітряних транспортних засобів перевізників і товарів, що переміщуються ними, затвердженої постановою Кабінету Міністрів України від 21 травня 2012 року № 451, та технологічних схем пропуску осіб, транспортних засобів та вантажів через державний кордон, що затверджуються керівником органу охорони державного кордону для кожного пункту пропуску, розроблених відповідно до Кодексу та пункту 19 зазначеної вище Типової технологічної схеми.