Організацію проведення кваліфікаційного відбору, спеціальної підготовки та підвищення кваліфікації операторів СКС здійснює Департамент спеціалізованої підготовки та кінологічного забезпечення Держмитслужби на підставі Плану підвищення рівня професійної компетентності посадових осіб територіальних органів Держмитслужби у порядку, визначеному Держмитслужбою.
Інформацію про результати кваліфікаційного відбору та спеціальної підготовки операторів СКС Департамент спеціалізованої підготовки та кінологічного забезпечення Держмитслужби надсилає до відповідних митниць Держмитслужби.
Посадові особи митниць, які не пройшли кваліфікаційний відбір та спеціальну підготовку операторів СКС, не допускаються до роботи із СКС.