Використання СКС під час здійснення митного контролю товарів та транспортних засобів здійснюється з урахуванням положень Кодексу та типових технологічних схем, затверджених постановою Кабінету Міністрів України від 21 травня 2012 року № 451 «Питання пропуску через державний кордон осіб, автомобільних, водних, залізничних та повітряних транспортних засобів перевізників і товарів, що переміщуються ними».
У пунктах пропуску для автомобільного сполучення розташування та подальше використання ВСКС мають забезпечувати можливість сканування товарів та транспортних засобів, які переміщуються у напрямку «В’їзду в Україну» та «Виїзд з України».