В процесі ведення переліку користувачів до нього можуть вноситися такі зміни:
1) щодо надання користувачу перехідного періоду відповідно до статті 38 Закону, із зазначенням початку та закінчення такого періоду - на підставі рішення Мінагрополітики (оформлене наказом);
2) щодо визнання реєстрації географічного зазначення недійсною - на підставі відповідного повідомлення в офіційному електронному бюлетені Національного органу інтелектуальної власності;
3) щодо визнання реєстрації традиційної гарантованої особливості недійсною - на підставі рішення Мінагрополітики (оформлене наказом);
4) інші зміни - на підставі рішення суду, що набрало законної сили, або, у встановлених законодавством випадках, на підставі рішення Мінагрополітики (оформлене наказом) або Національного органу інтелектуальної власності.