Власником єдиної геоінформаційної системи та виключних майнових прав на її програмне забезпечення є Держгеонадра, що забезпечує захист інформації єдиної геоінформаційної системи та контроль за нею відповідно до Закону України “Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах”.