Основними завданнями функціонування Реєстру є:
1) ведення обліку операторів ринку та їхніх потужностей (об’єктів) з обігу побічних продуктів тваринного походження та продуктів їх оброблення, переробки;
2) створення, збирання, одержання, зберігання, використання, розпорядження, поширення, охорона та захист інформації у сфері законодавства про побічні продукти тваринного походження;
3) забезпечення електронної взаємодії між фізичними та юридичними особами, фізичними особами - підприємцями, органами державної влади, органами місцевого самоврядування з метою виконання визначених законодавством завдань, пов’язаних із здійсненням державного контролю за дотриманням законодавства про побічні продукти тваринного походження;
4) створення інформаційної бази для встановлення наявності експлуатаційного дозволу або державної реєстрації потужності (об’єкта), якщо обов’язковість отримання експлуатаційного дозволу або державної реєстрації такої потужності (об’єкта) установлена Законом;
5) забезпечення інформацією для визначення періодичності здійснення планових заходів державного контролю на підставі ризик-орієнтованого підходу щодо відповідності діяльності операторів ринку вимогам законодавства про побічні продукти тваринного походження, які здійснюються Держпродспоживслужбою;
6) отримання, розгляд та опрацювання електронних документів, поданих заявниками, з автоматичною фіксацією часу надсилання та отримання, забезпечення цілісності та автентичності електронних документів;
7) систематизація та узагальнення інформації, перетворення її у формат, придатний для проведення подальшого аналізу;
8) збереження, автоматичне резервування та відновлення інформації, унесеної до Реєстру, забезпечення безперебійного доступу до Реєстру.