Функціональні можливості Державного реєстру повинні забезпечувати:
1) доступ користувачів (заявників, реєстраторів та уповноважених осіб) до реєстрової інформації засобами Державного реєстру в межах передбачених для них прав доступу через електронний кабінет користувача Державного реєстру;
2) здійснення пошуку та перегляду реєстрової інформації, групування об’єктів Державного реєстру та реєстрової інформації;
3) подачу заявниками електронних заяв та документів;
4) внесення інформації про взяті в обробку заяви та документів до неї, подані заявниками в паперовій формі, шляхом заповнення реєстратором відповідної електронної форми засобами Державного реєстру з додаванням сканкопії оригіналу паперової заяви;
5) виконання реєстраторами реєстраційних дій;
6) внесення уповноваженою особою відомостей щодо проведення оцінки ризику об’єктів санітарних заходів та надання наукового висновку щодо безпечності об’єктів санітарних заходів;
7) редагування довідників щодо об’єктів;
8) захист інформації, що міститься у Державному реєстрі, від несанкціонованого доступу, обробки, поширення, знищення, модифікації;
9) збереження, резервування і відновлення даних, що містяться в Державному реєстрі, безперебійний доступ до нього;
10) сумісність та електронну інформаційну взаємодію між Державним реєстром та іншими інформаційно-комунікаційними системами за потреби та в установленому законодавством порядку;
11) вивантаження з Державного реєстру реєстрових даних для загального доступу на офіційному вебсайті МОЗ з урахуванням обмежень щодо конфіденційності інформації, які визначені в статті 31 - 4 Закону України «Про основні принципи та вимоги до безпечності та якості харчових продуктів»;
12) виконання інших функцій визначених законодавством України.