Як виняток, на підставі службової записки керівника уповноваженого підрозділу, не підлягають скануванню у СЕД повідомлення, що містять інформацію, розголошення якої може негативно вплинути на проведення та результати перевірки наведеної у ньому інформації та/або виконання завдань і функцій уповноваженого підрозділу щодо співпраці з викривачем, забезпечення дотримання їхніх прав і гарантій захисту та виконання повноважень у сфері захисту викривачів, передбачених Законом.
Якщо повідомлення не підлягає скануванню у СЕД, таке повідомлення передається керівництву Мінсоцполітики в паперовому вигляді для накладення резолюції.