Як виняток, на підставі службової записки керівника уповноваженого підрозділу (уповноваженої особи), не підлягають скануванню у СЕД Повідомлення, що містять інформацію, розголошення якої може негативно вплинути на проведення та результати перевірки наведеної у ньому інформації та/або виконання завдань і функцій уповноваженого підрозділу (уповноваженої особи) щодо співпраці з викривачем, забезпечення дотримання їхніх прав і гарантій захисту та виконання повноважень у сфері захисту викривачів, передбачених Законом.
Якщо Повідомлення не підлягає скануванню у СЕД, це Повідомлення передається керівництву Мінстратегпрому в паперовій формі для накладення резолюції.