Організатором аукціону з продажу дозволу виступає Мінприроди. Організатор аукціону узгоджує перелік ділянок надр, дозволи на користування якими виставляються на аукціон, з органами місцевого самоврядування (у межах території Автономної Республіки Крим - з Верховною Радою Автономної Республіки Крим), а також із:
МНС - щодо користування надрами з метою видобування корисних копалин;
МОЗ - щодо користування надрами з метою видобування природних лікувальних ресурсів;
Адміністрацією Держприкордонслужби, Мінтрансзв'язку, Мінагрополітики - у разі продажу дозволів на користування ділянкою надр у межах континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони України.
Зазначені органи у 30-денний строк з дати надходження запиту від організатора аукціону узгоджують перелік ділянок надр, дозволи на користування якими виставляються на аукціон, або надають вмотивовану відмову в наданні узгодження.