Службове розслідування проводиться з дотриманням принципів законності, неупередженості, об’єктивності, пропорційності, презумпції доброчесності працівників органів БЕБ перед законом незалежно від займаної посади, спеціального звання, наявних у них державних нагород та заслуг перед державою, розумності строків та конфіденційності.