Строк проведення експертизи починається з робочого дня, наступного за днем надходження заявки до експерта в системі, і закінчується у день складання експертного висновку або надсилання організатору повідомлення про неможливість надання такого висновку.
Строк проведення експертизи встановлюється з урахуванням рівня складності та навантаження на експерта, але не більш як 30 календарних днів з дня надходження до експерта заявки в системі.
Наукова і науково-технічна експертиза кожної заявки проводиться трьома експертами, що увійшли до переліку експертів для проведення наукової та науково-технічної експертизи об’єктів експертизи у сфері наукової та науково-технічної діяльності, затвердженого МОН, які видають окремі експертні висновки.
Форма експертного висновку, критерії, за якими проводиться наукова і науково-технічна експертиза заявок (із зазначенням порядку пріоритетності та вагових коефіцієнтів окремих критеріїв), методика розрахунку сумарної оцінки за результатами проведення наукової і науково-технічної експертизи заявок та їх оцінювання членами секцій в системі та критерії конкурсних переваг заявок затверджуються наказом МОН.
У разі суттєвих розбіжностей оцінок експертів (вище 30 відсотків) щодо однієї і тієї ж заявки призначається повторна експертиза тієї ж заявки.