Будь-яка затримка в поверненні грантових коштів є підставою для нарахування пені за прострочення оплати. Пеня нараховується Органом управління у розмірі 3,5 відсотка понад ставку Європейського центрального банку, що застосовується в основній діяльності рефінансування у валюті євро для платежів, здійснюваних у євро, першого робочого дня місяця, на який випадає кінцевий строк погашення.