Спірні питання, що виникають між учасниками розрахунків під час підтвердження заборгованості, крім тих, що стосуються строків виникнення та встановлення сум заборгованості, розглядаються Міжвідомчою комісією. Для цього учасники розрахунків надсилають до Міжвідомчої комісії лист разом з копіями необхідних документів, які вона не пізніше ніж протягом семи днів після їх надходження розглядає і надсилає учасникам розрахунків свої висновки і рекомендації.