Відбір проб стічних вод здійснюється із стічної системи судна відповідно до його конструктивних особливостей, а саме з трубопроводів, що розміщуються за уставкою для оброблення суднових стічних вод, які обладнані пробовідбірними кранами, або кінцевих трубопроводів після насосів або танків стічних вод.