За наявності на судні кількох танків з баластною водою зразки проб баластної води відбираються з кожного танка, відповідно до журналів баластних операцій, за винятком танків, з яких вже було скинуто баласт або не планується його скидання.
У разі відбирання проб баластної води з відповідних технологічних систем судна, які призначені для видалення баласту за борт, об’єднану (усереднену) пробу отримують шляхом змішування трьох частин баластних вод, відібраних через інтервали в 5 хвилин. Після цього об’єднану (усереднену) пробу розливають у пляшки, оформляють акт відбору проб води на судні та опечатують.