Відбір проб баластних вод здійснюється з поверхневого шару (0-1 метр) води або з товщі води системи для скиду баластних вод. Пробу відбирають методом черпання.
Вода у місці відбирання проб повинна перемішуватись. Якщо це не виконується, то відбирають проби у різних за глибиною (придонні, середні, поверхневі) місцях з відповідним усередненням за об’ємом.