Відбір проб води на судні здійснюється в місцях, передбачених судновими планами (точок відбору стічних, лляльних, баластних вод), відповідно до виявленого характеру забруднення (виключно щодо речовин, які є причиною забруднення акваторії відповідно до акта перевірки якості води) з урахуванням конструктивних особливостей судна. Місця відбору проб води на судні визначаються уповноваженим представником Морської адміністрації за участю державного інспектора та капітана судна. Під час відбору проб враховуються результати порівняння показників якості води у місці забруднення з фоновими показниками, які вказують на те, які саме речовини призвели до погіршення якості води.