Організація діяльності ГДЗС здійснюється начальником ГДЗС ДСНС і начальником ГДЗС гарнізонів, які призначаються на штатній основі.
Начальник ГДЗС ДСНС забезпечує розроблення організаційно-розпорядчих актів з питань організації роботи ГДЗС в органах та підрозділах ДСНС, здійснює контроль за станом матеріально-технічного забезпечення ГДЗС та підготовкою газодимозахисників, аналізує застосування ЗІЗОД під час ліквідації наслідків небезпечних подій.
Начальник ГДЗС гарнізону організовує роботу ГДЗС у гарнізоні, забезпечує роботу баз ГДЗС і постів ГДЗС, контролює ведення оперативно-службової документації ГДЗС відповідно до переліку оперативно-службової документації газодимозахисної служби, наведеного в додатку 3 до цього Порядку, підготовку старших майстрів (майстрів) ГДЗС, начальників КПП ГДЗС, а також газодимозахисників гарнізону в теплодимокамерах, теплокамерах, димокамерах, на полігонах, смугах психологічної підготовки і навчально-тренувальних комплексах ГДЗС.