Під час митного аукціону аукціонний комітет забезпечує ведення протоколів щодо кожної аукціонної угоди (додаток 3), до яких заносяться номери і назви лотів, стартова і продажна ціна товарів, пропозиції учасників митного аукціону та відомості про переможців митного аукціону.
Протокол підписується ліцитатором і переможцем митного аукціону, що одержав право на придбання товару.