З метою дотримання безпеки обробки персональних даних перепису населення використовуються спеціальні технічні засоби захисту, у тому числі щодо унеможливлення несанкціонованого доступу до персональних даних перепису населення, із застосуванням комплексної системи захисту інформації з підтвердженою відповідністю.
Створення та забезпечення функціонування комплексної системи захисту інформації, призначеної для захисту персональних даних перепису населення, покладається на самостійний структурний підрозділ апарату Держстату з питань захисту інформації.