Завданнями загонів морської охорони є участь у виконанні завдань Державної прикордонної служби України щодо забезпечення недоторканності державного кордону та охорони суверенних прав України в її прилеглій зоні та виключній (морській) економічній зоні черговими силами та засобами, зокрема, екіпажами кораблів. Виконання екіпажами кораблів цих завдань є бойовим чергуванням.