Під час виконання завдань екіпаж корабля підпорядковується командиру корабля, який підпорядковується командиру загону морської охорони, до штату якого входить корабель або якому корабель передано в підпорядкування. Під час виконання завдань у складі корабельної тактичної групи командир корабля підпорядковується командиру тактичної групи, який підпорядковується командиру загону морської охорони, до штату якого входять кораблі тактичної групи або якому кораблі передано в підпорядкування.