Дія дозволу може бути зупинена Мінприроди безпосередньо або за поданням органів державного гірничого та санітарно-епідеміологічного нагляду, державного геологічного і екологічного контролю, органів місцевого самоврядування та Державної податкової адміністрації у разі:
порушення надрокористувачем умов дозволу або угоди про умови користування ділянкою надр;
виникнення внаслідок проведення робіт, пов'язаних з користуванням надрами на ділянці, безпосередньої загрози життю чи здоров'ю працівників або населення;
невнесення протягом шести місяців плати за користування надрами або збору за геологорозвідувальні роботи, проведені за рахунок державного бюджету;
неодноразового порушення вимог законодавства про охорону навколишнього природного середовища та раціональне використання надр;
проведення на наданій у користування ділянці надр робіт, не передбачених у дозволі.
Після зупинення дії дозволу надрокористувач зобов'язаний зупинити проведення на наданій йому в користування ділянці надр цільових робіт, передбачених дозволом.
Зупинення дії дозволу не звільняє надрокористувача від обов'язку проводити на ділянці надр роботи, пов'язані із запобіганням виникненню аварійної ситуації або усуненням її наслідків.
Зупинення дії дозволу не є підставою для переривання строку його дії.
Дія дозволу поновлюється Мінприроди після усунення надрокористувачем причин, що призвели до зупинення його дії, і сплати сум усіх фінансових санкцій, застосованих у зв'язку із зупиненням його дії.