Відбір проектів здійснюється конкурсною комісією (далі - Комісія), склад якої затверджується наказом Держінвестицій. Комісію очолює Голова Держінвестицій.
До складу Комісії входять представники Мінфіну, Мінекономіки, Мінпромполітики, Мінрегіонбуду, Мінагрополітики, Мінвуглепрому, Мінжитлокомунгоспу, Мінпаливенерго, Мінтрансзв'язку, Держінвестицій, НАЕР, Держкомінформнауки, Державної інноваційної фінансово-кредитної установи та Державної інвестиційної компанії (за згодою).