До функцій захисту КІС належать:
забезпечення цілісності інформаційних ресурсів (зокрема - державних) КІС;
забезпечення заданих рівнів доступності інформаційних ресурсів та підсистем КІС;
захист інформації з обмеженим доступом (зокрема - публічної), що зберігається КІС, від несанкціонованих дій та (або) несанкціонованого поширення (розголошення).