КІС є інтегрованою системою у складі таких основних підсистем:
адміністрування інфраструктури фондового ринку;
комплексний реєстр інфраструктури;
надання адміністративних послуг в електронній формі;
офіційний вебсайт НКЦПФР;
підсистема нагляду за ринком (моніторинг, аналіз, пруденційний нагляд);
система розкриття інформації;
система електронного документообігу;
автоматизації процесів адміністрування.