До функцій захисту КІС належать:
забезпечення цілісності інформаційних ресурсів КІС (зокрема — державних);
забезпечення заданих рівнів доступності інформаційних ресурсів та підсистем КІС;
забезпечення обробки персональних даних працівниками НКЦПФР відповідно до їх посадових обов’язків в обсязі, необхідному для виконання таких обов’язків та з дотриманням вимог Закону України «Про захист персональних даних», інших актів законодавства та нормативно-правових актів НКЦПФР з питань регулювання правових відносин, пов’язаних із захистом і обробкою персональних даних, і спрямованих на захист основоположних прав і свобод людини і громадянина, зокрема права на невтручання в особисте життя, у зв’язку з обробкою персональних даних;
забезпечення функціонування безпечних каналів зв’язку для здійснення учасниками ринків капіталу та організованих товарних ринків повідомлень про потенційне або фактичне порушення профільного законодавства;
захист інформації з обмеженим доступом (зокрема — публічної), що зберігається в КІС, від несанкціонованих дій та (або) несанкціонованого поширення (розголошення).