У випадку, якщо подані на реєстрацію матеріали не відповідають вимогам цього Порядку, а також Положення про порядок формування та реалізації державних, галузевих (багатогалузевих), регіональних науково-технічних програм, науково-технічних частин інвестиційних, соціальних та інших програм, затвердженого наказом Державного комітету України з питань науки і технологій, Національної академії наук, Міністерства фінансів та Міністерства економіки від 19.05.94 N 83 ( z0123-94 ), УкрІНТЕІ може відмовити у реєстрації програми. При цьому подані матеріали повертаються на доопрацювання організації чи органу, що подавав їх на реєстрацію. Доопрацьовані матеріали подаються на реєстрацію повторно у двотижневий термін.