До компетенції зональної лабораторії належать:
обстеження місць існування прісноводних риб і інших гідробіонтів з проведенням діагностичних виловів їх і лабораторного дослідження з метою епізоотичної оцінки стану водної фауни і прогнозування виникнення хвороб;
проведення експресних (у тому числі пошукових) лабораторних досліджень заразних хвороб прісноводних риб, негайне повідомлення у встановленому порядку відповідних органів ветеринарної медицини про випадки позитивних результатів досліджень;
розробка рекомендацій з попередження, а в разі виникнення вогнищ заразних захворювань риб - термінових заходів з їх ліквідації, а також профілактики можливого розповсюдження їх;
проведення за дорученням Державного департаменту ветеринарної медицини апробації методів діагностики захворювань прісноводних риб і інших гідробіонтів, нових діагностичних препаратів і лікувальних засобів, що належать до компетенції зональної лабораторії;
проведення ветеринарно-санітарної, хіміко-токсикологічної та радіологічної оцінки кормів для риб;
організація проведення клінічних, бактеріологічних, вірусологічних, хіміко-токсикологічних, патолого-анатомічних, паразитологічних і інших видів досліджень;
відбір зразків риби та інших гідробіонтів для діагностичних досліджень з метою визначення якості та безпеки;
участь в організації і проведенні семінарів з спеціалістами ветеринарної медицини з питань профілактики, діагностики і ліквідації заразних і незаразних хвороб прісноводних риб;
ведення обліку про проведену роботу і подання звітності в установленому порядку;
проведення скринінгових та підтверджувальних методів діагностики заразних хвороб прісноводних риб, а також здійснення контролю за якістю та безпекою продукції тваринного походження;
визначення та подання у встановленому порядку Державному департаменту ветеринарної медицини розрахунків щодо потреби асигнувань на утримання Зональної спеціалізованої лабораторії і придбання необхідних матеріалів для проведення досліджень, підвищення кваліфікації спеціалістів Зональної спеціалізованої лабораторії;
направлення на місця спеціалістів для уточнення діагнозу, надання практичної допомоги в організації і проведенні протиепізоотичних та ветеринарно-санітарних заходів у разі виникнення небезпечних (у тому числі для людей) заразних хвороб прісноводних риб та гідробіонтів;
виконання комплексу заходів щодо метрологічного забезпечення робіт та режиму роботи з мікроорганізмами II, III, IV груп патогенності;
виконання завдань Державного департаменту ветеринарної медицини і Центральної державної лабораторії ветеринарної медицини та інших робіт, які належать до компетенції Зональної спеціалізованої лабораторії;
проведення атестації робочих місць, акредитації міських, районних, міжрайонних державних лабораторій ветеринарної медицини з питань діагностики заразних хвороб прісноводних риб за дорученням Державного департаменту ветеринарної медицини і Центральної державної лабораторії ветеринарної медицини;
відповідно до Положення про Державний департамент ветеринарної медицини разом з державною санітарно-епідеміологічною службою розслідування випадків виникнення серед населення захворювань, спільних для прісноводних риб і людей, а також загибелі риби та інших гідробіонтів, пов'язаних з отруєнням.