Основними завданнями зональної лабораторії є:
здійснення моніторингу заразних хвороб риб та інших гідробіонтів з урахуванням відповідних міжнародних стандартів, керуючись Міжнародним кодексом охорони здоров'я водних тварин у зоні обслуговування;
охорона території зони обслуговування від занесення з територій інших держав або карантинної зони збудників заразних хвороб прісноводних риб і інших гідробіонтів;
вивчення й аналіз епізоотичної ситуації в прісноводних водоймищах зони обслуговування, причин і джерел виникнення хвороб, шляхи розповсюдження їх збудників;
розробка та впровадження в практику нових методик з діагностики заразних хвороб прісноводних риб і інших гідробіонтів;
організація і проведення планових і позапланових обстежень, лабораторних досліджень з метою діагностики заразних захворювань прісноводних риб;
захист населення від хвороб, спільних для прісноводних риб і людей;
вивчення та аналіз епізоотичної ситуації в зоні обслуговування, причин і джерел виникнення, шляхів розповсюдження збудників заразних хвороб прісноводних риб та факторів, що обумовлюють їх поширення;
забезпечення організації та проведення планових і непланових досліджень з метою діагностики заразних хвороб прісноводних риб та інших гідробіонтів;
проведення ветеринарно-санітарної експертизи продукції тваринного походження, яка використовується для годівлі риб або виготовлення кормів, а також готових кормів і кормових добавок;
надання методичної, практичної і консультативної допомоги спеціалістам ветеринарної медицини відділів діагностики і боротьби з хворобами риб обласних лабораторій ветеринарної медицини і міжрайонних (зональних) дільниць державної ветеринарної медицини з боротьби із хворобами прісноводних риб;
участь у розробці й організації проведення разом з територіальними органами ветеринарної медицини профілактичних, діагностичних, ветеринарно-санітарних, карантинних і інших заходів щодо боротьби з хворобами прісноводних риб;
упровадження в практику досягнень науки та передового досвіду.