Зональну лабораторію очолює директор - лікар ветеринарної медицини, який одночасно є завідувачем одного з відділів і має досвід практичної роботи за фахом не менше п'яти років, пройшов підвищення кваліфікації.
Директор зональної лабораторії призначається і звільняється з посади головою Державного департаменту ветеринарної медицини згідно з чинним законодавством.
Директор зональної лабораторії є державним інспектором ветеринарної медицини і з питань діяльності лабораторії, підпорядкований голові Державного департаменту ветеринарної медицини.
Завідувачі віддів, спеціалісти та інші працівники зональної лабораторії призначаються і звільняються з посад директором лабораторії.