Керівник банку в разі наявності заперечень щодо відомостей і висновків, викладених у довідці про перевірку, має право одночасно із поверненням підписаного ним першого примірника довідки надати обґрунтовані письмові заперечення (пояснення) із документальним підтвердженням (у разі їх наявності), які є невід'ємною частиною довідки про перевірку. Довідка про перевірку в такому випадку доповнюється відміткою "із запереченнями (поясненнями)".
Керівник банку в разі подання довідки про перевірку в електронній формі за наявності заперечень щодо фактів і висновків, викладених у довідці про перевірку, має право не пізніше ніж на третій робочий день надіслати лист із накладеним КЕП кураторові перевірки з обґрунтованими запереченнями (поясненнями) із документальним підтвердженням (за їх наявності) засобами системи електронної пошти Національного банку.
Надання банком заперечень до довідки про перевірку не звільняє банк від визначених законодавством України, а також нормативно-правовими актами Національного банку обов'язків, виконання яких пов'язане з фактом отримання банком довідки про перевірку.