Основними принципами діяльності комісії є:
додержання чинного законодавства;
колегіальність під час прийняття рішень;
вичерпний розгляд конкурсних пропозицій згідно зі встановленими умовами приватизації;
обгрунтованість прийнятих рішень;
рівність усіх інвесторів перед комісією;
незалежність членів комісії (недопущення втручання в діяльність комісії будь-яких органів державної влади та органів місцевого самоврядування, а також учасників конкурсу);
професіоналізм членів комісії.